2013年4月的一天，中科红旗的上百名员工被召集起来开会。中科红旗总裁贾栋告诉员工们，公司资金链出现问题，当月工资无法如期发放。贾栋没有给出过多解释，员工们虽有不满，但还是被迫接受了这样的事实。
员工们原以来这样的情况会很快结束，但最终等来的是：4月份以后的工资全部都不能发放。
最初中科红旗的员工们还有办公场地，但去年12月末，由于长期拖欠物业租金等费用，中科红旗位于北京海淀区紫金大厦的总部被停供水电，被迫关门。
中科红旗员工们尝试让高管和员工代表与公司董事会展开对话，协商解决拖欠员工工资问题，但无果而终。
最终，员工们选择付诸法律，向海淀法院申请劳动仲裁。虽然最终法院在今年年初作出了有利于员工们的仲裁，但员工们至今也没有拿到总额达到上千万元的工资。
维 权无果让中科红旗的员工们心力交瘁，但他们自始至终也不明白一家正常运营的公司为什么会突然陷入亏损，出现资金链断裂问题。多位在中科红旗供职多年的员工告诉新浪科技：“自2004年起，中科红旗实际上一直处于盈利状态。”
据员工们表述，中科红旗近几年发展一直比较稳健，客户规模也在不断扩大，即使公司过去几个月处于混乱之中，仍然有稳定的销售回款，并且有客户要求提供更多产品和服务。
至今，在中科红旗官方网站上，有关公司大事记的记录中仍然有公司在2004年、2005年实现盈利的字样。
对于公司突然陷入亏损，员工们说，他们自己也觉得莫名其妙。
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